Johannes Duns Scotus wordt geboren uit de familie Duns te Maseton in Engeland. Zijn vader behoort tot een soort landadel en is grensbaron in het grensgebied van Engeland met Schotland. Daarom krijgt hij al snel de bijnaam de Schot. Op 25-jarige leeftijd treedt hij in bij de Minderbroeders en ontvangt in 1291 de H. Priesterwijding. Dan krijgt hij opdracht te gaan studeren in Parijs en doceert na de voltooiing van zijn studie in Oxford. In 1302 keert hij terug in Parijs. Bekende geschriften van hem zijn de Opus Oxoniense (commentaren op geschriften van Lombardus) en Reportitiones Parisienses (dictaten samengesteld uit o.a. Parijse colleges, opgetekend door zijn studenten).

Omdat hij partij koos voor paus Bonifatius VIII die strijd voerde tegen Philips IV van Frankrijk en de concilie-oproep tegen paus Bonifatius VIII weigerde te ondertekenen laat Philips de Schone hem in 1303 uit Parijs verbannen. In 1308 ontvangt hij, waarschijnlijk van de Minister Generaal van de Orde een leerstoel op te richten. Enkele maanden daarna, op 8 november 1308 sterft Johannes Duns Scotus in Keulen en wordt in de Minoritenkerk begraven.

Scotus staat als denker en wetenschapper in de traditie van de wijsgeer Aristoteles en is de grote figuur van de franciscaanse schoo', bij conventuelen en observanten. Hij ontwikkelde een nieuwe manier van denken: Hij ziet het intellect als ondergeschikt aan de wil, en gaat uit van de oneindige liefde van God. God heeft uit liefde Christus gezonden, Christus als Middelaar van de mens op weg naar God. Christus verbindt de schepping met de Schepper, de tijd met de eeuwigheid. Christus staat als middelpunt in de Schepping, de verlossing en de voltooiing, en richt heel de schepping op de uiteindelijke thuiskomst bij God..

Johannes Duns Scotus is bovendien de pleitbezorger voor de Onbevlekte Ontvangenis van Maria.Hij sluit hierbij aan op de opvatting die de franciskaanse leraren van zijn tijd aantreffen in de vroomheid van het volk en op het einde van de 13e eeuw in scholen beginnen te onderrichten.

In 1854 wordt deze opvatting als geloofspunt aan heel de Kerk voorgehouden in de dogmaverklaring van Maria Onbevlekte Ontvangenis..

Johannes Duns Scotus ontvangt de eretitel Doctor Subtilis (Scherpzinnige geleerde)